Mit Ausnahme der 3 genannten habituellen Bakteriengruppen sind alle anderen der 5000 Bakterienarten nur gelegentlich vorhanden. Sie können bis zu 10% der Stuhlmasse ausmachen oder fehlen, gleichmäßig verteilt sein oder in Nestern liegen, wie auf den Bildern deutlich wird. Das Vorhandensein oder die Abwesenheit von diesen Bakterien in den einzelnen Stuhlproben hat keinen Bezug zur Gesundheit. Dennoch ist ihre Beurteilung wichtig. Die Zusammensetzung der gelegentlichen Bakteriengruppen ist charakteristisch für jeden einzelnen Menschen. Anhand der Analyse der gelegentlichen Bakteriengruppen kann man Proben einzelnen Individuen zuordnen. Bei Erkrankung kommt es zu Veränderungen des individuellen Profils der bakteriellen Zusammensetzung. Je stärker die Veränderung, desto ernsthafter und anhaltender die Störung.