Der menschliche Dickdarm beinhaltet zwar über 5000 verschiedene Bakterienarten, jedoch machen 3 Gruppen von Bakterien zusammen 70-90% der Stuhlflora aus. Es handelt sich um die Gruppen Bacteroides, Faecalibacterium prausnitzii und Roseburia. Bei gesunden Menschen sind diese Bakteriengruppen ohne Ausnahme reichlich vorhanden und gleichmäßig über den Stuhl -Zylinder verteilt. Wegen dieser obligaten Anwesenheit nennen wir diese Bakterien habituell.