Was unternimmt ein Labor, wenn in diesem ein Bioreaktor nicht richtig funktioniert und sein Inhalt verdirbt? Das Personal zieht Schutzkleidung an, säubert die Anlage, dekontaminiert diese und befüllt den Bioreaktor für den Neustart. Genau diese Vorgänge finden auch bei der Fehlfunktion eines Dickdarmbioreaktors statt. Die Struktur Funktion Analyse erlaubt, diese Schritte quantitativ zu bestimmen.

Wie bereits ausgeführt wehrt sich der Darm gegen Erkrankungen mit Blähungen, Koliken und gesteigerter Schleimproduktion. Bei Blähungen wird der Stuhl von einer zur anderen  Darmwand verlagert, um Augenblicke zu gewinnen, in denen die Mukusbarriere wieder aufgebaut werden kann. Koliken schieben den Darminhalt aus demselben Grund von empfindlichen Stellen weg. Die erhöhte Schleimproduktion macht die Mukusschicht nicht fester, jedoch dicker und erschwert so das Vordringen von Bakterien.