Der fixierte Stuhlzylinder beinhaltet 3 Bereiche:

Die Mukusschicht, die Darmschleimhaut und Stuhlprobe trennt,

die Arbeitszone des Bioreaktors , wo die Hauptfermentation stattfindet ,

dazwischen die germinale oder Keim Zone.

Die germinale Zone besteht aus dem aufgeweichten, äußeren Bereich der trennenden Mukusschicht. Bakterien wandern in den weichen Mukus ein, der jedoch immer noch fest genug ist, um sich durch die  Darmbewegungen nicht abzulösen. Bakterien werden  dadurch gefangen hier. Beim gesunden Menschen  unterscheidet sich die Keimzone nicht  von der Arbeitszone. Im Krankheitsfall ist die Situation anders. Durchfall, Hunger, Antibiotika können die Bakterien in der Arbeitszone vollständig dezimieren. In der Keimzone bleiben  Zusammensetzung und Konzentration der Bakterien jedoch erhalten, wodurch die Stabilität der Dickdarmbakterien gewährt wird.

Der Stuhlzylinder wird im Labor in Paraffin eingebettet, geschnitten und auf Glasplättchen, die Objektträger heißen, fixiert. Verschiedene Gruppen von Darmbakterien können dabei unterschiedlich farblich markiert werden. Diese Methode heißt Fluoreszenz in situ Hybridisierung oder FISH. Die räumliche Verteilung von Bakteriengruppen im Verhältnis zueinander und den Funktionszonen des Dickdarmbioreaktors werden unter dem Mikroskop untersucht.