Das Bakterienwachstum im Dickdarm hat eine Schattenseite. Die optimalen Wachstumsbedingungen begünstigen unterschiedliche Bakterien. Mit speziellen Methoden lassen sich im Dickdarm über 5000 verschiedene Bakterienarten nachweisen. Die meisten von diesen sind zufällig. Sie sind irgendwann in ihrem Leben vorbeigekommen, fanden die Bedingungen angenehm und blieben. Ein Teil ist wichtig für die Biofermentation. Ein Grossteil der Darmbakterien  ist jedoch eindeutig pathogen. Bacteroides  sp. verursachen Abszesse, E.coli ist der häufigste Erreger der Urosepsis, Enterokokken rufen schwere  Herzklappenendokarditiden hervor,  Clostridium perfringens – den  Gasbrand. Diese Erreger sind im Dickdarm jedes Menschen in hohen Konzentrationen zu finden. Jeder 5. von uns beherbergt dazu Clostrdium botulinum, ein Toxin bildendes Bakterium. Es ist bekannt, dass ein Gramm dieses Giftes ausreicht, um die Bevölkerung  einer Großstadt auszulöschen. Die Betreibung des Dickdarm-Bioreaktors birgt somit erhebliche Risiken.