Je schwerer die Störung desto ausgeprägter die Suppression der Bakterien.  Mitunter bleiben die habituellen Bakteriengruppen nur noch in der schmalen germinalen Zone erhalten. Solange die germinale Zone erhalten ist, sind die Veränderungen reversibel.

Bei chronisch entzündlichen Darmerkrankungen ist die germinale Zone anhaltend zerstört.

Das komplette Verschwinden von Faecalibacterium prausnitzii aus dem Stuhl in drei aufeinander folgenden Proben ist fast ausnahmslos nur bei M. Crohn zu finden.