Man kann die Funktion der Dickdarmbarriere anhand von Biopsien beurteilen, wenn hierfür spezielle und relativ teure Methoden verwendet werden. Leider ist jede Biopsie eine Momentaufnahme. Man sieht das,  was im Augenblick der Entnahme im Darm geschieht und ggfs. alte Narben. Die Biopsie ist ungeeignet, um Aussagen über seine Funktionsfähigkeit bei gefülltem Darm, einer Diät oder Therapieeinwirkung zu treffen. Die Aussagen der Biopsie sind immer rückwirkend. Stuhlproben sind für die Untersuchung der Dickdarmgesundheit wichtiger.

Problematisch  bei den Stuhluntersuchungen war bisher die extreme Komplexität der Darmbakterien. Würde man alle 5000 Bakterienarten quantitativ untersuchen, so wird der Bundesetat sehr klein erscheinen.